تم تشييدها على مراحل بين القرنين الثاني عشر والثالث عشر، ترجيحاً بدءاً من العام 1115 ثم أُضيفت اليها القبّة نصف الكرويّة لبيت العماد الخارجي (في الجزء الشمالي من الكنيسة). خلال القرن السابع عشر، تحولت الى اسطبل ايام العثمانيين وفي القرن الثامن عشر، سلّمها الأمير يوسف شهاب الى الرهبنة المارونية فرمّمتْها. وأُعيد ترميمها لاحقاً بعدما قصفها الأسطول البريطاني في العام 1840. وفي العام 1947 تم بناء قبة جرسها.
استمرت عملية الترميم والإعمار في كنيسة القديس يوحنا مرقس اعوام عدة لتتزينها بالعقود السريرية والأسطوانية والتيجان المزخرفة اضافة للحنوات.
الكنيسة تضم اربع لوحات زيتية: واحدة بتمثل عماد السيح المسيح تعود لعام 1909، والثانية تمثل يوحنا مرقس اسقف جبيل تعود لعام 1937 والثالثة تمثل يوحنا مارون اول بطريرك على الكنيسة المارونية مجهولة التاريخ اضافة للوحة رابعة هي السيدة العذراء رجح انها تعود للقرن التاسع عشر .
